Logiciel de comptabilité auto-entrepreneur : choisir par besoin

Facturation, compte pro ou déclarations : trois besoins distincts. Un guide documentaire pour choisir parmi Indy, Shine et Pennylane, tarifs publics à l'appui.

Logiciel de comptabilité auto-entrepreneur : choisir par besoin

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Pour une micro-entreprise qui facture peu et prépare elle-même ses déclarations, un outil à 0 euro HT par mois peut suffire. Dès que la TVA, les relances ou l'aide à la préparation des déclarations entrent en jeu, le bon choix dépend de ce que vous voulez automatiser. Ce guide ne s'adresse pas à qui cherche un cabinet d'expertise comptable, ni à une société avec salariés.

Méthode. Analyse éditoriale documentaire du 10 octobre 2026, fondée sur les pages publiques de tarifs des éditeurs et sur la fiche officielle du service public. Nous n'avons ni ouvert de compte ni testé les outils. Trois services servent d'illustration, ce n'est pas un classement exhaustif.

Réponse courte : pour qui, pour qui pas

Si votre priorité est de préparer et transmettre vos déclarations URSSAF, en les vérifiant vous-même avant envoi, regardez d'abord Indy. Si vous voulez surtout un compte professionnel avec IBAN français, facturation et exports, Shine mérite un calcul. Si vous êtes en EI, SASU, EURL ou SCI et que la TVA structure votre quotidien, la grille de Pennylane est plus proche de votre cas. Aucun de ces outils ne convient à tout le monde, et aucun ne remplace une décision sur votre statut.

Facturation, compte ou déclarations : trois besoins distincts

La facturation couvre devis, factures, relances et facturation électronique. Le compte concerne l'encaissement, la carte et les virements. Les déclarations touchent l'URSSAF, la TVA, la CFE. Un outil peut être excellent sur l'un et absent sur les autres. Commencez par écrire lequel des trois vous coûte aujourd'hui le plus de temps, puis comparez seulement les offres qui le traitent.

Les tarifs publics côte à côte

Tarifs HT relevés sur les pages publiques le 10 octobre 2026
ServiceBesoin couvertTarif publicÀ vérifier
IndyFacturation et déclarations en micro-entrepriseEssentiel 0 par mois. Plus 9 par mois en annuel (108 par an) ou 12 en mensuel. Autonomie 15 par mois en annuel (180 par an) ou 19 en mensuel.Offre et éligibilité selon le statut
Compte pro avec facturationFree 0. Start 9 par mois, payé 108 par an. Plus 20 (240 par an). Business 45 (540 par an).Frais par opération et dépôt d'espèces
PennylaneFacturation et comptabilité pour EI, SASU, EURL, SCIStarter 7, Basique 14, Essentiel 24, Premium 79 par mois, soit 84, 168, 288 et 948 sur douze mois hors remises.Starter exige le Compte Pro Pennylane

Indy : la logique micro-entreprise

L'offre Essentiel à 0 euro HT par mois propose devis et factures illimités, facturation électronique, catégorisation et un compte pro avec IBAN et carte. Le niveau Plus ajoute factures récurrentes, relances, signature de devis, suivi des seuils et trois sous-comptes. Autonomie porte sur la préparation et la transmission des déclarations URSSAF, TVA, CFE et DAS2, que vous restez invité à vérifier, avec une aide à la déclaration de revenus selon l'offre et l'éligibilité.

Attention aux rythmes : Plus à 9 euros HT par mois suppose un engagement annuel de 108 euros, contre 12 euros en paiement mensuel. Ces tarifs concernent la micro-entreprise. Pour une SASU ou une EI au réel, ces grilles ne sont pas celles que nous avons étudiées : cela ne veut pas dire que le produit soit inadapté, seulement qu'il faut identifier l'offre correspondante. De même, l'automatisation du logiciel n'est pas la mission d'un expert partenaire, qui relève d'une offre distincte à identifier et qui n'est pas forcément facturée à part. Notre fiche détaillée sur Indy reprend ces points.

Consulter le site officiel Indy Lien officiel non affilié.

Shine : un compte d'abord, du calcul ensuite

Shine est avant tout un compte professionnel : IBAN français, facturation, exports. Le Start à 9 euros HT par mois exige un paiement annuel de 108 euros, ce n'est pas un prix mensuel sans engagement. Le plan Free coûte 0 et inclut 3 virements ou prélèvements SEPA par mois, puis 0,50 euro HT l'unité. Start en inclut 30, Plus 150, Business 300, puis 0,20 euro HT l'unité.

Un exemple limité : avec 20 opérations par mois et rien d'autre, Free revient à 8,50 euros HT par mois, contre 9 pour Start. À 22 opérations, Free passe à 9,50. À 40 opérations, Free atteint 18,50 contre 11 pour Start. Ce n'est pas un seuil de rentabilité universel : la carte physique (7 euros HT en option sur Free) et le dépôt d'espèces (5 % sur Free, 3 % sur Start, 2,5 % sur Plus, 2 % sur Business) s'ajoutent. Les pages relevées ne disent rien d'un éventuel crédit ou découvert : cette absence d'information ne prouve pas l'absence d'offre, à vérifier auprès de l'éditeur. Voir aussi notre avis sur Shine et le comparatif des banques pro.

Pennylane : quand la TVA et le suivi comptent

La grille du 10 octobre 2026 vise les indépendants en EI, SASU, EURL ou SCI, avec un utilisateur. Tous les plans incluent la facturation électronique, jusqu'à 1 200 factures par an. Basique ajoute acomptes et documents commerciaux. Essentiel apporte relances automatisées, récurrence, notes de frais et prévisionnel. Premium ajoute le module comptable et déclarations. L'essai dure 15 jours sans engagement.

Deux limites pèsent sur la décision. Pennylane n'est pas un cabinet d'expertise comptable : les honoraires éventuels d'un cabinet sont distincts et à faire préciser. Et cette grille ne couvre pas les TPE et PME ni une micro-entreprise sans TVA : ces statuts, hors de la grille étudiée, n'impliquent pas un produit inadapté, mais demandent de consulter l'offre qui leur correspond. Le détail est dans notre avis Pennylane.

Consulter l’offre Pennylane Lien partenaire.

Compte dédié : ce que dit le service public

Un compte professionnel n'est pas obligatoire pour tous les micro-entrepreneurs. En revanche, un compte dédié devient obligatoire si le chiffre d'affaires dépasse 10 000 euros deux années consécutives. Pour une activité commerciale, il l'est quel que soit le seuil. Certaines banques interdisent l'usage professionnel d'un compte personnel ou exigent une mention de l'EI : relisez vos conditions, sans chercher à les contourner.

Choisir sans se tromper

  • Vous voulez préparer et transmettre vos déclarations en micro, en les vérifiant vous-même : comparez les niveaux d'Indy, en précisant annuel ou mensuel.
  • Vous cherchez surtout un compte : chiffrez vos opérations mensuelles avant de choisir un plan Shine.
  • Vous avez la TVA et un statut de société ou d'EI : testez la période d'essai de Pennylane, honoraires de cabinet compris.

Gardez à part le budget du foyer, que notre guide sur les applications de budget gratuites aide à structurer.

Sources consultées le 10 octobre 2026

Si vous voulez seulement facturer

Shine propose de la facturation avec son compte pro, mais aussi Shine Facture, une offre séparée pour facturer sans ouvrir de compte pro Shine. La grille de cette offre séparée ne doit pas être confondue avec celle du compte. Sa page officielle indique l'offre Start à 9 € HT par mois, soit 108 € HT payés à l'année, et l'offre Plus à 20 € HT par mois, soit 240 € HT à l'année. Comparez-le avec d'autres solutions dans notre guide logiciel de comptabilité pour auto-entrepreneur.

Consulter Shine Facture Lien partenaire.

Pour choisir le compte à associer à vos outils comptables, notre avis Qonto compare les forfaits et leurs coûts selon votre volume d’opérations.

Le choix du compte dépend aussi de vos encaissements et de vos outils : notre comparatif Qonto ou Shine met leurs coûts et services face à face.

Applications mobiles : notes et avis

Comparez les applications des services présentés : notes des stores, fonctions annoncées et retours utilisateurs.

Indy : comptabilité & facturesiOS 4,8/5 · Android 4,7/5
Relevé du 11 octobre 2026
App StoreFiche France · iOS
4,8
sur 5
7 770 évaluations
Google PlayFrance · Mobile Android
4,7
sur 5
4 081 évaluations

L'éditeur annonce la synchronisation du compte bancaire professionnel, la catégorisation des transactions, la création de devis et factures, la gestion de notes de frais avec justificatifs par photo, et des déclarations de TVA.

Exemples d’avis reformulés par FAME

Google Play

Connexion app refusée

Cet utilisateur a rapporté des identifiants refusés dans l'application mais acceptés sur le web, avec des comportements contradictoires, puis a relevé sa note.

Consulter les avis source

Lire notre analyse Indy comptabilité →

PennylaneiOS 4,8/5 · Android 4,6/5
Relevé du 11 octobre 2026
App StoreFiche France · iOS
4,8
sur 5
13 244 évaluations
Google PlayFrance · Mobile Android
4,6
sur 5
5 301 évaluations

L'éditeur annonce, dans l'application mobile, la création de devis et factures de vente, le dépôt de factures d'achat et notes de frais, la catégorisation des transactions et des commentaires partagés avec le comptable.

Exemples d’avis reformulés par FAME

Google Play

Justificatifs et catégories limités

Ce retour critique l'impossibilité de rapprocher un justificatif avec plusieurs dépenses, comme les frais bancaires mensuels, l'absence de catégories personnalisées et une ergonomie jugée insuffisante.

Consulter les avis source
Google Play

Acomptes limités sur mobile

Cet utilisateur apprécie l'ergonomie mais regrette l'impossibilité d'intégrer un acompte au devis et de créer une facture d'acompte depuis le mobile, possible sur le web.

Consulter les avis source
Google Play

Gestion des documents

Cet utilisateur rapporte, pour les documents, un nom de fichier non choisi à l'import et une suppression ou un renommage impossibles depuis l'application.

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Lire notre analyse Pennylane →

Shine - Compte pro en ligneiOS 4,8/5 · Android 4,6/5
Relevé du 11 octobre 2026
App StoreFiche France · iOS
4,8
sur 5
12 487 évaluations
Google PlayFrance · Mobile Android
4,6
sur 5
8 319 évaluations

L'éditeur annonce un compte professionnel avec cartes virtuelles, virements, sous-comptes et notifications de transactions, ainsi que l'association de reçus aux transactions et la création de factures depuis le mobile ou l'ordinateur.

Exemples d’avis reformulés par FAME

Google Play

Support réactif après changement

Cet utilisateur, après un changement de téléphone, a obtenu une résolution dans la journée après vérifications d'identité, et décrit une application intuitive et réactive.

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Google Play

Facile, solde à améliorer

Ce retour décrit un compte facile d'usage et une équipe réactive, mais souhaite un solde en temps réel et des cartes à usage unique.

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Google Play

Communication sur les frais

Cet utilisateur de longue date, déçu par la communication sur la fin de son offre gratuite, estime que de petits frais s'appliquent vite.

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Lire notre analyse Shine compte pro →

Sources et méthode de lecture

Relevés des fiches officielles françaises. Les notes iOS et Android restent séparées ; Google Play peut varier selon le pays et l’appareil. Les barres affichent uniquement une répartition effectivement publiée. Les exemples d’avis sont datés, sélectionnés parmi les commentaires visibles et reformulés : ils ne constituent pas un sondage représentatif. Un incident ancien ne prouve pas un problème actuel. Les fonctionnalités peuvent dépendre du contrat et de l’équipement. La note de l’application ne mesure ni la qualité globale du service ni la sécurité d’un placement.

Pour approfondir ce sujet

Questions fréquentes

Un compte pro est-il obligatoire en micro-entreprise ?
Pas systématiquement. Un compte dédié l'est si le chiffre d'affaires dépasse 10 000 euros deux années de suite, et pour toute activité commerciale.
Comment lire un prix « par mois » annoncé en annuel ?
Un tarif mensuel affiché en annuel suppose de payer l'année. Chez Indy, Plus vaut 9 euros HT par mois en annuel (108 par an) ou 12 en mensuel.
Un logiciel remplace-t-il un expert-comptable ?
Pas forcément. Pennylane n'est pas un cabinet, et chez Indy la mission d'un expert partenaire relève d'une offre distincte à identifier, pas forcément facturée à part, différente de l'automatisation du logiciel.